김창준님의 글을 읽고서 보게 된 책이다. 제목이 필기구나 학습지 광고처럼 느껴졌지만, 읽고나니 시도해봄직한 독서방법이라는 생각이 든다.

삼색 볼펜 학습법은 빨강, 파랑, 초록으로 이루어진 삼색 볼펜을 이용한다. 독서를 하면서 밑줄을 긋거나 동그라미를 치는 방식으로 다양하게 표시를 하는데, 세가지 색을 다음과 같이 구분하여 사용한다.

• 빨강: 객관적으로 가장 중요한 부분. 한페이지에 한번씩만 사용하도록 제한.
• 파랑: 객관적으로 중요한 부분.
• 초록: 주관적으로 관심이 있는 부분.

빨강과 파랑이 차지하는 부분은 객관성에 바탕을 두기 때문에 대부분의 사람들이 비슷한 곳에 줄을 그을 것이다. 반면에 초록 줄이 그어진 부분은 개성에 따라서 사람마다 다르게 나타난다.

삼색 볼펜을 사용해서 밑줄을 긋기 위해서는 두 가지 기준으로 내용을 구분할 수 있어야 한다. 첫째로 객관적인 부분과 주관적인 부분을 구분할 수 있어야 하고, 두번째로 중요한 부분과 그렇지 않은 부분을 구분할 수 있어야 한다. 따라서 위의 방법을 실천하게 된다면 책의 내용을 네가지로 분석하면서 읽게 되기 때문에 책의 내용을 그저 따라가는 독서보다는 좀 더 주체적인 독서를 할 수 있다.

시간이 지나서 이전에 읽었던 내용을 찾아볼 때 삼색 밑줄이 길잡이가 된다. 빨강만 읽어보면 책 전체의 내용과 흐름을 파악할 수 있고, 파랑을 읽으므로써 빨강을 뒷받침하고 구체화하는 내용들도 파악할 수 있다. 때로는 초록 밑줄이 그어진 부분들을 살펴보면서 이전 독서에서 흥미있게 느껴던 점들을 되새겨 볼 수 있다.

나는 논문을 읽을 때 이 방법을 적용해 보았다. 논문을 읽으면서 기본적으로 중요한 내용들에는 파란색으로 표시를 하고, 논문이 채택된 원인이 되거나 주제가 담겨져 있는 부분에는 빨간색을 사용한다. 그리고 개인적으로 재미있다고 생각되는 내용들이나 아이디어를 얻을만한 부분들에는 초록색을 사용해서 표시를 한다. 이렇게 해보니 논문의 핵심요지를 파악하는 일도 쉬워지고 읽는 동안에도 집중해서 읽게 되는 효과가 있었다.

플랭클린 플래너의 '오늘의 우선 업무'를 기록할 때에도 삼색 볼펜 학습법을 응용해 보았다. 우선업무란에는 업무내용을 적는 칸과 함께 우선순위를 기록하는 칸이 있다. 원래는 이 곳에 ABC와 숫자를 결합해서 업무의 중요도와 긴급한 정도를 기록하게 되어 있다. 나의 방법은 삼색과 ABC를 그 대신에 사용한다. 객관적으로 가장 중요한 업무에는 빨강, 객관적으로 중요한 업무에는 파랑, 개인적인 업무에는 초록을 사용하고, ABC를 이용해서 일의 긴급한 정도를 표시한다. 이 방법은 색을 이용하기 때문에 기존의 방법보다 집중도를 높일 수 있다. 빨간색이 주는 긴장감은 해당 업무의 중요함과 긴급함을 시각적으로 보여주고, 이 시각적인 긴장에서 벗어나기 위해서 중요한 업무부터 처리하게 된다.

다양한 읽을 거리가 존재하는 반면 시간은 한정되어 있다. 따라서 신속하게 그 내용을 파악할 수 있는 독서법 몇 가지는 익혀두어야 한다. 나는 삼색 볼펜 방법을 그 가운데 한가지로 선택하였다. 이 방법은 단순하면서도 높은 집중력과 이해력을 얻을 수 있는 방법이라고 생각한다.

 최근에 기사들을 보면 통계적으로 우리나라의 연구력이 많이 향상되었다고 한다. 그러나 세계적으로 주도권을 가지고 있는 연구분야는 여전히 부족하고, 특히 자체적으로 새로운 연구분야를 개척하는 경우는 찾아보기 힘들다. 정부, 학교, 기업 할 것없이 창의력을 발휘하라고 요구하지만, 실제로 창의적인 연구를 찾다보면 정말 창의적인 주제보다는 최근에 새로이 뜨는 분야의 주제를 선택하게 된다. 이 책의 저자인 가나데 다케오는 '초보발상, 프로실행'이라는 표어를 통해서 이런 문제를 해결하고 있다.

초보자는 실패에 대한 두려움없이 다양한 생각을 한다. 이는 전문지식의 부족에서 기인한 것일 수도 있지만 결과적으로 기존의 관습에서 벗어나 독창적인 아이디어들을 내놓는다. 전문가들은 자신이 잘 아는 분야의 지식에 한정되어서 생각을 하기 때문에 생각의 함정에 빠지기 쉽다. '초보발상'은 이와 같은 함정을 경계하고 창조적인 생각을 하기 위한 방법이다.

아무리 발상이 창의적이라고 하더라도 실행하는데 있어서는 전문가가 되어야 한다. 전문가가 문제를 푸는 방법은 초보자보다 체계적이고 일관성이 있다. 전문가는 아이디어의 구현과 결과의 응용방법까지 통찰력을 가지고 하나의 시나리오를 그릴 수 있다. 문제가 너무 방대하거나 어려울 경우에는, 범위를 한정해서 문제를 재정의할 수 있다. 아니면 구체적인 예제를 해결하면서 귀납적으로 연구를 진행하기도 한다. 프로다운 실행을 위해서 아이디어를 다른 사람에게 이야기하는 것이 도움이 된다. 아이디어를 이야기하는 과정에서 단순한 발상을 구체적으로 승화시킬 수 있기 때문이다.

저자는 '초보발상, 프로실행'과 더불어 문제해결력을 높이기 위한 방법들도 제시한다. 책에는 문제해결력이라는 말이 사용되었지만 연구활동능력이라는 말이 더 어울린다. '논문쓰기, 영어회화, 발표하기'와 같은 연구자의 주된 활동을 위한 조언들이기 때문이다.

논문은 연구과제가 있고 저자가 그것을 풀어간다는 점에서 탐정이 사건을 해결해가는 추리소설과 비슷하다. 기승전결을 나눈다면, 기에서는 호기심을 유발하고, 승에서는 문제 해결을 위한 가정을 밝히고, 전에서는 핵심 아이디어를 구체적으로 전개하며, 결에서는 가장 중요한 연구결과를 제시해야 한다.

영어로 대화하기는 연구에 있어서 필수적이다. 영어는 과학연구에 있어서 세계공용어처럼 쓰이기 때문에 자신의 전문분야에서 만큼은 구체적인 대화까지 나눌 수 있는 회화실력을 갖추어야 한다. 영어말하기에 있어서는 큰소리로 빨리 이야기하는 것이 도움이 된다. 듣기에 있어서는 집중하지 않고 자연스럽게 들을 수 있도록 평상시에도 연습을 하는 것이 좋다.

자신의 연구 결과를 알리고 피드백을 얻기 위해서는 발표를 잘하는 것이 중요하다. 발표하기의 핵심은 중요한 내용을 앞쪽에 배치하는 것이다. 시간상 발표의 초반부에는 관객의 집중도가 높다. 집중하고 있는 관객들을 대상으로 핵심적인 결론을 먼저 이야기하는 것은 발표시간을 효과적으로 활용하는 길이다. 배경은 결과가 의미있을 때만 같이 의미가 있다는 점을 기억하자.

이 책은 연구자를 위한 도움이 될만한 많은 조언들을 담고 있다. 하지만 연구자에게 가장 중요한 것은 연구 자체를 즐기는 마인드인 것 같다. 연구 자체를 즐길 때 연구에 대한 자신감과 확신이 생기게 되고 최종적인 결과도 당연히 좋아진다. 성공적인 연구결과는 다시 성취감과 즐거움을 안겨주기에 긍정적인 선순환 구조를 형성한다. 간혹 연구결과가 실망스럽고 순조롭게 진행되지 않는다면 이 책의 조언들이 도움이 될 것이고 위의 선순환 고리를 이어갈 수 있을 것이다.

 대부분의 일들과 마찬가지로 연구를 하는 것은 결국에 글을 쓰는 일이다. 날마다 실험한 내용을 실험 노트에 정리하고 연구의 최종 결과를 정리해서 논문을 쓴다. 특히, 아이디어를 짜내고 결과 데이터를 분석하는 작업은 막히더라도 나름의 재미가 있지만, 글쓰기에서 장애가 생기면 재미보다는 막막한 마음만 남는다. 최근에 논문을 쓰려고 하다보니 한숨만 쉬게 되는 일이 생겨서 돌파구를 찾고자 '글쓰기의 전략'이라는 책을 읽어 보았다. 이 책은 풍부한 예문들과 이해하기 쉬운 설명들을 바탕으로 글쓰기의 어려움을 해결하는데 실제적인 도움을 준다.

글을 쓰기 전에는 쓰고자 하는 테마에 맞춰서 글의 설계도(개요)를 작성해야 한다. 테마가 잡혔으면 테마와 관련된 글감을 찾는다. 글감을 찾을 때는 브레인스토밍이 도움이 된다. 브레인스토밍은 질보다는 양이 중요하므로 가능한 많은 글감을 찾도록 한다. 충분히 글감들이 모였으면 필요한 글감들을 골라내고 비슷한 것들끼리 묶어서 분류한다. 각각의 분류 항목은 설계도에서 하나의 묶음으로 기능할 수 있으므로, 항목들을 논리적 흐름에 따라 배열하면 글의 설계도가 완성된다.

글의 내용들을 논리적 흐름으로 엮는 것을 구성이라고 한다. 즉, 위의 설계도 작성에서 항목들을 배열하는 것은 곧 구성의 과정을 거치는 것이다. 이 책에서는 다음과 같이 다섯 가지 구성의 유형을 제시하고 있다.
하지만 구성은 글의 흐름이다. 내용을 논리적으로 배열하는 방법에 절대적인 공식이 있을 수는 없다. 따라서 논리적 흐름이 자연스럽다면 굳이 위의 유형에 얽매여서는 안 된다.

위의 다섯 가지 유형을 통해서 글의 본론을 구성한다면, 글의 서두와 결말은 어떻게 구성하면 될까? 서두는 독자의 관심을 끄는 것이 중요하다. 발상 단계에서 주제와 구성을 준비하였다면 서두는 자연스럽게 써지기 마련이다. 만약 서두를 쓰면서 많은 고민을 하게 된다면 테마에 대한 일반적 상황을 서술하는 것이 해결책이 된다. 이 방법은 화제를 제시함과 동시에 본문과 자연스럽게 이어지는 서두를 작성할 수 있다.

결말은 요약과 전망으로 구성되지만 두 요소가 모두 필요하지는 않다. 즉, <요약(주장)+전망>, <요약+전망(주장)>,<요약(주장)>, <전망(주장)> 가운데 한 가지로 구성된다. 이 네 가지 유형은 대부분의 글에 모두 적용이 가능하므로 필자의 취향과 글의 흐름에 맞춰서 고르면 되겠다.

여기까지 글쓰기를 위한 내용을 모으고 이를 논리적으로 구성하는 방법들에 대해서 정리해 보았다. 글의 용도가 다르더라도 글감을 모으고 구성하는 과정은 모든 글쓰기 과정에서 반드시 거치기 마련이다. 따라서 '글쓰기의 전략'은 일상적인 연애편지부터 시작해서 전문적인 논문 작성까지 다양한 글쓰기에 도움이 될 수 있을 것이다. 하지만, 이론만으로는 글쓰기가 늘지 않는다. 정말로 글을 잘 쓰고 싶다면 많은 글을 쓰고 연습해보아야 할 것이다.

연구자라면 많은 논문들을 읽게된다. 요즘은 대부분의 저널이 온라인저널형태로 운영되고 있기 때문에 인터넷을 통해서 논문을 pdf파일형식으로 다운로드 받아서 자신의 컴퓨터에 저장해놓고 보는 일이 일상적이다. 하지만 몇달만 지나면 저장해놓은 논문들이 수백편을 넘어가게 되고, 그 가운데서 이전에 저장해놓은 논문을 다시 찾기는 힘들어진다. 논문 검색을 쉽게하기 위해서 주제별로 다른 디렉토리에 저장해보기도 하고, 파일이름에 저자명이나 논문제목을 붙여 놓기도 하지만 그리 큰 도움은 되지 않는다. 내 경우에도 논문들을 한 디렉토리에 [저널명]-[볼륨]-[첫페이지].pdf 형식으로 저장하고 구글데스크탑을 이용해서 검색하고 있지만, 논문에 대한 기록을 남겨 놓지 않는 이상 몇편의 pdf 파일을 뒤적거린 후에야 원하는 논문을 찾을 수 있다.

이런 문제는 파일 이름이 논문의 내용을 대표하지 못하고 검색 자체도 문맥을 파악하지지 못하기 때문이다. 논문 관리에 태그를 이용한다면 간단하게 문제를 해결할 수 있다. 실제로 태그를 이용하는 프로그램들이 몇 가지 있었다.

Yep은 iphoto와 비슷한 인터페이스를 가지고 있는 프로그램으로 현재 $34에 팔고 있는 상용프로그램이다. 굉장히 깔끔한 인터페이스를 보여주고 있다. 태그기능과 평가기능을 비록해서 상용프로그램답게 몇가지 부가기능도 갖추고 있는 것으로 보인다. 아쉬운 점은 맥OS에 기반하기 때문에 맥유저가 아니라면 사용할 수 없다는 것이다.

Papers도 iphoto와 비슷한 인터페이스를 가지는 프로그램으로 논문관리에 더욱 특화되어 있다. 약 $25에 라이센스를 구입해야만 사용이 가능하고 역시 맥OS에 기반하기 때문에 맥유저가 아니라면 사용할 수 없다. 이 프로그램은 특히 PubMed 직접 검색해서 논문 관련 정보를 찾아오기 때문에 생물학 관련 논문관리에 가장 유용하게 사용할 수 있는 프로그램이다. 개인적으로는 바이오인포매틱스를 전공하는 대학원생이 만들었다는 점에서 나에게 더욱 적합한 프로그램이라고 예상된다. 하지만 역시 $25+(맥가격)이라는 이중 부담때문에 그림에 떡일 수 밖에 없다.

Connotea는 웹 기반 프로그램으로 del.icio.us와 비슷한 형태의 웹 2.0 사이트이다. Nature Publishing Group에서 운영하고 있고, 간단한 등록절차만 거치면 무료로 사용 가능하다. del.icio.us와 비슷하게 검색된 논문페이지에서 브라우저 버튼을 누르면 태그와 함께 논문을 등록할 수 있다. 물론 로컬에 저장된 pdf 관리에는 사용할 수 없지만, 웹상에서 사용가능하고 링크를 저장한다는 점은 접근성과 이동성에서 한층 뛰어나다고 볼 수 있다. 특히 논문 리스트를 EndNote에서 읽을 수 있는 파일형식으로 저장하는 기능과 웹의 특성을 살려서 다른 사람들이 저장 논문 리스트를 볼 수 있다는 점에서 다른 프로그램과 구분되는 유용성을 확인할 수 있다.

위에서 살펴본 프로그램은 모두 뛰어난 기능과 손쉬운 UI를 동시에 갖추고 있다. 하지만 앞서 언급한 Yep과 Papers는 맥에서만 사용이 가능하고 Connotea는 pdf파일 관리에 사용할 수 없기 때문에 내가 사용하기에는 부족하다. 따라서 내가 필요한 기능을 가지는 프로그램을 구현해야 할 필요가 있다.

Journals

1. Minho Lee, Chan-seok Jeong, Dongsup Kim. (2007) Predicting and improving the sequence alignment quality by support vector regression. BMC Bioinformatics, 8, 471.
2. 이민호, 정찬석, 김동섭. (2006) 단백질 서열정렬 정확도 예측을 위한 새로운 방법. Bioinformatics and Biosystems, 1, 82-87.
3. Sangjo Han, Byung-chul Lee, Seung Taek Yu, Chan-seok Jeong, Soyoung Lee, Dongsup Kim. (2005) Fold recognition by combining profile-profile alignment and support vector machine. Bioinformatics, 21, 2667-2673.

Conferences

1. Chan-seok Jeong, Minho Lee, Dongsup Kim. (2006) Detecting remote homolog by protein similarity network. IFMBE Proceedings "World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2006", August 27-September 1, COEX Seoul, Korea, 14, 169-171.

Patents

1. 김동섭, 정찬석, 이민호. (2006) 단백질의 아미노산 서열로부터 삼차구조를 예측하기 위한 장치 및 이의 예측 방법, 출원일자 2006-08-29, 출원번호 10-2006-0082296, 등록번호 10-0836166-0000.

"자신이 연구한 것을 논문으로 작성하기 위해서 우선 배경지식을 바탕으로 연구결과가 나오기 전에 서론의 초고와 함께 결과가 포함되지 않은 예비 초록을 쓴다. 이 초록이 결과를 고려할 때 자신의 마음속에 연구의 타당성, 목적, 그리고 요점을 유지시키는 데 도움을 줄 것이다. 실험을 준비할 때 재료와 실험방법을 다룬 단락을 쓴다. 그 다음에 결과가 얻어지면 그 결과와 토론 단락, 결론 그리고 수정된 서론을 쓸 수 있다. 마지막으로 결과와 결론요약을 끼워 넣음으로써 초록을 수정한다. 논문이 발표되기까지 논문의 모든 단락들이 여러 번 수정되어질 것을 기억해야 한다." - 배원병, 손권, 하만영, 이석, 이공계가 한다! 글쓰기와 발표하기, 북스힐, 2003.

논문을 쓰는 일은 연구를 시작할 때부터 진행되어야 한다. 연구를 마치고 논문으로 정리해 나가는 것이 아니라, 논문을 미리 작성함으로써 연구의 진행방향이 명확해지고 수행되는 실험의 목적도 분명해진다. 이런 점은 프로그래밍의 Test Driven Development와 비슷해 보인다. 논문의 작성 과정을 연구 진행 상황에 따라서 정리해보았다.

• 연구시작할 때
  배경지식과 자료 조사를 바탕으로 Introduction을 작성한다.
  결과가 포함되지 않은 Abstract을 작성한다.
  
  
• 실험 시작할 때
  Materials and Methods를 작성한다.
  
  
• 결과를 얻은 후
  Results, Discussion, Conclusion을 작성한다.
  Introduction을 수정한다.
  
  
• 완성 단계
  Abstract에 결과와 결론의 내용을 추가한다.
  
  
• 논문이 발표되기 전
  publish되기 전까지 여러번의 revision을 거칠 수 있다.